L’identification de marqueurs génétiques caractéristiques des matières fécales de chaque espèce animale pour cibler de manière plus précise l’origine des bactéries comme E. coli dans les cours d’eau est une méthode qui est assez nouvelle au Québec, bien qu’elle soit utilisée depuis plus longtemps ailleurs dans le monde, indique la chercheuse Caroline Côté, de l’Institut de recherche et de développement en agroenvironnement (IRDA).

Celle-ci conduit depuis 2019 un projet ayant un objectif similaire à celui mené par l’équipe de l’Université du Québec à Trois-Rivières (voir autre texte), mais à l’échelle de trois bassins versants situés en Montérégie et dans Lanaudière, et avec une méthode de traçage génétique développée par son équipe.

« En étant capables d’identifier plus clairement de quelle espèce animale les bactéries fécales proviennent, soit d’une vache, d’un cochon, d’un poulet, d’un ruminant ou d’un humain, nous pourrons ensuite mettre en place des stratégies plus efficaces pour améliorer la qualité de l’eau », indique la chercheuse. Elle ajoute que ces nouvelles méthodes sont tout aussi importantes pour les producteurs agricoles « qui veulent avoir l’heure juste [concernant la part de responsabilité de leur production dans ces contaminations] ».

La méthode d’échantillonnage aussi cruciale

Outre cette possibilité de traçage génétique des bactéries, la méthode d’échantillonnage a aussi un rôle déterminant à jouer dans les résultats, prévient Mme Côté.  « Car le moment et le lieu de l’échantillonnage sont plus complexes qu’ils ne paraissent, spécifie-t-elle. Si on effectue par exemple un prélèvement d’eau au printemps ou à l’automne, au moment de l’épandage, ou si on procède à l’échantillonnage en aval d’une surverse municipale, ça pourrait faire en sorte qu’on a sous-estimé ou surestimé l’apport d’une espèce par rapport à une autre dans la contamination. Il faut donc développer une méthode qui permette d’obtenir les résultats les plus précis possible, et ce, en travaillant avec des gens qui connaissent les spécificités de chaque bassin versant », signale-t-elle.

D’autres défis confrontent également l’équipe de chercheurs, dont celui de départir les contaminants d’origine faunique et agricole, car les excréments d’animaux comme les chevreuils sont aussi une source de contamination qui se mêle aux autres.